يتكون الهيكل التنظيمي لإرسيكا من الجمعية العامة ومجلس الإدارة والمدير العام.
الجمعية العامة
تعمل اللجنة الإسلامية للشؤون الاقتصادية والثقافية والاجتماعية، وهي لجنة متخصّصة تابعة لمنظمة التعاون الإسلامي تجتمع كل سنة، كالجمعية العامة المشتركة للأجهزة الفرعية لمنظمة التعاون الإسلامي، وبالتالي كالجمعية العامة لإرسيكا. وتحدد الجمعية العامة لإرسيكا السياسة العامة للمركز وتقدم إرشادات عامة لأنشطته، وتدرس برامج الأنشطة السنوية، ومشروعات الميزانيات والحسابات الختامية للمركز من أجل اعتمادها من قبل مجلس وزراء الخارجية.
مجلس الإدارة
يتألف مجلسُ إدارة إرسيكا، الهيئةُ الإشرافية المباشرة له، من ممثلين عن تسعِ دولٍ أعضاء، من جملتها الدولة المضيفة تركيا، تنتخبها الدولُ الأعضاءُ من خلال الجمعية العامة لإرسيكا (اللجنة الإسلامية للشؤون الاقتصادية والثقافية والاجتماعية) لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد مرة واحدة، ومن الأمين العام لمنظمة التعاون الإسلامي أو نائب عنه والمدير العام للمركز كأعضاء بحكم الوظيفة. ويصوغُ مجلسُ الإدارةِ تقاريرَ أنشطةِ المركزِ وبرامجَ عملِهِ وميزانياتِهِ في صورتها النهائية قبل اعتمادِ الجمعيةِ العامة إيّاها ومجلسِ وزراءِ الخارجية من بعدها.
الأقسام
تطورت أقسام المركز وتشكلت بمرور الوقت بما يتماشى مع متطلبات البرامج والمشاريع. وهي منظمة على النحو التالي:
قسم البحوث والمنشورات
- دراسات في القرآن الكريم
- الحضارة الإسلامية والشعوب الإسلامية
- التراث الحضاري والمعماري
- الفنون الإسلامية والحرف اليدوية
قسم المكتبة والأرشيف
- المكتبة
- الأرشيف
قسم الإدارة والمالية
- المالية
- الموظَّفون
- الخدمات العامة
قسم تكنولوجيا المعلومات
