IRCICA’nın teşkilât yapısı Genel Kurul, Yönetim Kurulu ve Genel Direktör’den meydana gelmiştir.
Genel Kurul
İİT’nin yılda bir defa toplanan bir uzmanlık kurulu olan Ekonomik, Sosyal ve Kültürel İşler Komisyonu teşkilâtın alt kurumlarının Ortak Genel Kurulu ve dolayısıyla IRCICA’nın da Genel Kurulu vazifesini görmektedir. Genel Kurul IRCICA’nın genel çalışma stratejisini değerlendirir ve yönlendirir, yıllık çalışma programlarını, bütçe tekliflerini ve kapanış hesaplarını inceler ve bu belgeleri Dışişleri Bakanları Konseyi’ne sunulmak üzere onaylar.
Yönetim Kurulu
IRCICA Yönetim Kurulu Merkezin bir üst mercii olup, biri ev sahibi ülke Türkiye olmak üzere İİT üyesi dokuz devletin temsilcileri ile tabii üyeler olarak İİT Genel Sekreteri veya temsilcisi ve Genel Direktör’den müteşekkildir. Kurulda temsil edilecek devletler IRCICA’nın Genel Kurulu tarafından bir defa yenilenebilir üçer yıllık süreler için seçilirler. Merkezin faaliyet raporları, çalışma programları ve bütçeleri Dışişleri Bakanları Konseyi’ne sunulmak üzere Genel Kurul tarafından onaylanmadan önce Yönetim Kurulu tarafından incelenip onaylanır.
Bölümler
Merkezin bölümleri zaman içinde, faaliyetlerinin gereklerince gelişip şekillenmiştir. Bu bölümler şunlardır:
Araştırma ve Yayın Bölümü
- Kur’an-ı Kerim İncelemeleri
- İslam Medeniyeti ve Müslüman Milletler
- Kültür ve Mimari Mirası
- İslam Sanatları ve Elsanatları
Kütüphane ve Arşiv Bölümü
- Kütüphane
- Arşiv
İdarî ve Malî İşler Bölümü
- Maliye
- Personel
- Genel hizmetler
Enformasyon Teknolojisi Bölümü
